膀胱の粘膜が何らかの原因で破綻し、粘膜下層の間質という部分が炎症を起こす。そこに尿が染みて知覚神経を刺激し、痛みが出る。症状が進むと、間質の炎症部分が線維化して、膀胱が萎縮してくる。